POHON PERENTANG MINIMAL UNTUK MENGELOMPOKKAN DATA EKSPRESI GEN

AMELIA DIAH AGUSTIEN, 080412775 (2008) POHON PERENTANG MINIMAL UNTUK MENGELOMPOKKAN DATA EKSPRESI GEN. Skripsi thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

[img]
Preview
Text (ABSTRAK)
41.pdf

Download (187kB) | Preview
[img] Text (FULL TEXT)
24668.pdf
Restricted to Registered users only

Download (1MB) | Request a copy
Official URL: http://lib.unair.ac.id

Abstract

Tujuan dari skripsi ini adalah untuk mengelompokkan data ekspresi gen dengan menggunakan algoritma Pohon Perentang Minimal dan sekaligus mengoptimalkan hasil pengelompokan dengan menggunakan metode Partitioning Around Medoids (PAM). Dasar pengelompokan dari algoritma Pohon Perentang Minimal adalah dengan merepresentasikan himpunan data ekspresi gen sebagai Pohon Perentang Minimal. Setiap subpohon dari Pohon Perentang Minimal menunjukkan kelompok — kelompok dari data. Sedangkan dasar pengelompokan dari metode PAM adalah mengelompokkan data sedemikian hingga jumlah jarak tiap data ke obyek yang representatif (medoid) kelompoknya minimal. Pengelompokan dengan algoritma Pohon Perentang Minimal terdiri atas 5 langkah. Proses pengelompokan dimulai dengan menghitung jarak antara dua obyek dari data yang merupakan ukuran ketakmiripan antara dua obyek tersebut. Selanjutnya adalah membentuk pohon perentang minimal dengan menganggap obyek sebagai titik dan jarak sebagai bobot garis antar titik. Langkah ketiga adalah mengelompokkan data dengan memotong garis yang memiliki bobot terbesar. Langkah keempat adalah menentukan jumlah kelompok terbaik dengan menggunakan indeks validitas. Terakhir, mengoptimalkan hasil pengelompokan dengan menggunakan metode PAM. Data yang digunakan pada skripsi ini adalah data Saccharomyses cerevisiae yang diperoleh dari Eisen et.al. (1998). Data tersebut terdiri dari 135 gen dengan 79 perlakuan. Data Saccharomyses cerevisiae diselesaikan menggunakan program C++ dan diperoleh jumlah kelompok terbaik adalah 7 atau 10 kelompok.

Item Type: Thesis (Skripsi)
Additional Information: KKC MPM 35/08 Agu p
Uncontrolled Keywords: CELL CULTURE; AMYLASES
Subjects: Q Science > QA Mathematics
Divisions: 08. Fakultas Sains dan Teknologi > Matematika
Creators:
CreatorsNIM/NIDN
AMELIA DIAH AGUSTIEN, 080412775UNSPECIFIED
Contributors:
ContributionNameNIDN/NIDK/NUP
ContributorDrs. Eto Wuryanto, DEAUNSPECIFIED
ContributorIr. Dyah Herawatie, M.SiUNSPECIFIED
Depositing User: Tn Fariddio Caesar
Date Deposited: 27 Apr 2009 12:00
Last Modified: 08 Jun 2017 21:26
URI: http://repository.unair.ac.id/id/eprint/24668
Sosial Share:

Actions (login required)

View Item View Item