PEMODELAN STRUKTUR 3-DIMENSI ENZIM β-XILOSIDASE (D121N DAN D139N) DENGAN METODE HOMOLOGI DAN THREADING SERTA DOCKING MENGGUNAKAN SUBSTRAT p-NITROPHENYL-XYLOPIRANOSIDE

ILMA AMALINA, 080810504 (2011) PEMODELAN STRUKTUR 3-DIMENSI ENZIM β-XILOSIDASE (D121N DAN D139N) DENGAN METODE HOMOLOGI DAN THREADING SERTA DOCKING MENGGUNAKAN SUBSTRAT p-NITROPHENYL-XYLOPIRANOSIDE. Skripsi thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

[img]
Preview
Text (ABSTRAK)
gdlhub-gdl-s1-2011-amalinailm-21291-mpk371-k.pdf

Download (374kB) | Preview
[img] Text (FULL TEXT)
24897.pdf
Restricted to Registered users only

Download (2MB) | Request a copy
Official URL: http://lib.unair.ac.id

Abstract

Pengaruh mutasi terhadap struktur 3D enzim dapat diketahui secara in silico melalui pemodelan struktur 3D enzim. Penelitian ini bertujuan memodelkan struktur 3-dimensi dari enzim β-xilosidase IT-08 dan mutan (D121N dan D139N), sehingga dapat diketahui pengaruh mutasi terhadap struktur 3D dan kompleks enzim-substrat p-NP-X melalui docking. Pemodelan yang dilakukan menggunakan metode homologi dan threading dan dipilih model terbaik, yaitu menggunakan metode homologi dengan multiple template. Cetakan 1YRZ dan 2EXH digunakan untuk pemodelan enzim β-xilosidase IT-08 dan mutan (D121N dan D139N) menggunakan Easy Modeller. Kualitas model dievaluasi menggunakan PROCHECK melalui plot Ramachandran. Pada pemodelan ini dapat diketahui pengaruh mutasi D121N dan D139N terhadap struktur enzim β- xilosidase IT-08 yang dilakukan melalui superimpose menggunakan SUPERPOSE yang dianalisis menggunakan PyMol. Kompleks enzim-substrat juga dapat diketahui dengan docking menggunakan Autodock4 dan Autodock vina yang masing-masing dianalisis menggunakan Autodock tools dan PyMol. Hasil mode terbaik menggunakan cetakan 2EXH dan 1YRZ untuk pemodelan enzim β- xilosidase IT-08 dan mutan (D121N dan D139N). Hasil superimpose menunjukkan adanya perubahan struktur 3D melalui nilai RMSD. Hasil docking menunjukkan model kompleks enzim-substrat p-NP-X, energi bebas pengikatan, interaksi ikatan hydrogen dan interaksi Van Der Waals-elektrostatik.

Item Type: Thesis (Skripsi)
Additional Information: KKC KK MPK 37 11 Ama p
Uncontrolled Keywords: ENZYMES ; AMINO ACIDS
Subjects: T Technology
T Technology > TP Chemical technology
Divisions: 08. Fakultas Sains dan Teknologi > Kimia
Creators:
CreatorsEmail
ILMA AMALINA, 080810504UNSPECIFIED
Contributors:
ContributionNameEmail
ContributorNi Nyoman Tri Puspaningsih, Prof. Dr., Dra., M.SiUNSPECIFIED
Depositing User: Nn Sheli Erlangga Putri
Date Deposited: 01 Dec 2011 12:00
Last Modified: 11 Jun 2017 18:32
URI: http://repository.unair.ac.id/id/eprint/24897
Sosial Share:

Actions (login required)

View Item View Item