ARYATI, 090214923D (2006) EPIDEMIOLOGI MOLEKULER VIRUS DENGUE DI INDONESIA. Disertasi thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

Preview	Text (Abstrak) 4.pdf Download (143kB) | Preview
Preview	Text (Fulltext) gdlhub-gdl-s3-2008-aryati-7396-disk06-8.pdf Download (1MB) | Preview

Abstract

Epidemiologi molekuler banyak dikembangkan untuk mencari berbagai faktor yang diperkirakan menjadi penyebab masih terus berkembangnya prevalensi infeksi virus Dengue di seluruh belahan dunia Sekuensing dari berbagai regio di dalam genom virus Dengue tersebut penting dilakukan untuk menentukan variasi genetik dan untuk mengkarakterisasi subtipe (genotipe) di dalam masing-masing serotipenya. Penelitian dilakukan pada 19 kota di Indonesia yang terdapat di pulau Sumatera, Batam, Kalimantan, Sulawesi, Papua, Jawa, Bali dan Lombok dari tahun 2003-2005. Pengambilan sample Demam Berdarah Dengue (DBD) dilakukan di Unit Pelaksana Fungsional (UPF) Ilmu Kesehatan Anak dan UPF Ilmu Penyakit Dalam di berbagai rumah sakit. Diagnosis DBD ditegakkan berdasarkan kriteria diagnosis menurut WHO 1997. Pelaksanaan penelitian serologi dan PCR dikerjakan di laboratorium Dengue dan laboratorium Hepatitis Tropical Disease Center Universitas Airlangga. Pengerjaan isolasi kultur virus Dengue, sekuensing DNA dan analisis filogenetik dikerjakan di Laboratorium Virologi, Institute of Tropical Medicine, Nagasaki University, Jepang. Sebanyak 525 serum penderita DBD dengan kriteria WHO, 1997 dilakukan pemeriksaan IgM dan IgG antiDengue dan didapatkan dominasi infeksi sekunder sebanyak 57,14% (300/525), sedangkan infeksi primer sebanyak 12,57 % (66/525), kondisi equivocal sebanyak 4,20% (22/525) dan negatif sebanyak 26,09 % (137/525). Sejumlah 192 sampel dilakukan cerotyping dengan metode Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) yang dilakukan di Tropical Disease Center (TDC) Universitas Airlangga (Unair), terdapat dominasi DEN-2 yaitu sebanyak 65 sampel (65 %) dari 100 sampel positif PCR-nya kemudian diikuti oleh DEN-3 sebanyak 15 sampel (15 %), DEN-4 sebanyak 12 sampel (12 %) dan DEN-1 sebanyak 8 sampel (8 %). Analisis homologi dan analisis filogenetik dilakukan terhadap serotipe DEN-2 dan DEN-3 yang dominan dalam penelitian ini. Isolat dari Jawa Timur yaitu Surabaya, Malang, Pacitan, Jember terdapat homologi senada yang berkisar antara 77,4-97,5% namun terhadap Jakarta-1 dan sampel di 1uar Jawa (Aceh, Mataram, Batam, Gorontalo) terdapat homologi di bawah 50% . Analisis homologi untuk DEN-3 hanya terbatas pada 3 sampel yang memiliki kualitas elektroferogram yang bagus, yaitu Jayapura, Kendari dan Medan dengan nilai homologi yang cukup baik maupun terhadap referens (Martinique, Amerika Tengah) yaitu berkisar 83,3%- 92,4% . Analisis filogenetik terhadap serotipe DEN-2 dari berbagai sampel menemukan adanya 2 Clade yang berbeda . Clade yang pertama menunjukkan sampel dari Surabaya, Malang, Jember, Pacitan, Aceh, Mataram terdapat dalam satu gugusan .Clade yang berikutnya terdiri dari sampel Gorontalo, Batam dan Jakarta-1 bersama dengan referens yang dipakai pada penelitian ini yaitu Jamaica, Venezuela, Mexico dan Thailand. Melalui proses isolasi virus dengan menggunakan C6/36 Aedes albopictus cell monolayers dalam Eagles minimal essential medium (E-MEM) yang telah diperkaya dengan 2% fetal calf serum (FCS) dan kemudian dilakukan sekuensing DNA, didapatkan genotipe Cosmopolitan untuk DEN-2 di Gorontalo-2005 dan genotipe I untuk DEN-3 Jakarta-2003 .

Item Type:	Thesis (Disertasi)
Additional Information:	KKA KK Dis K 06/08 Ary e
Uncontrolled Keywords:	DHF, DEN-2 virus, DEN-3 virus, DNA sequencing, homology analysis, phylogenetic analysis
Subjects:	R Medicine > RA Public aspects of medicine > RA1-1270 Public aspects of medicine > RA421-790.95 Public health. Hygiene. Preventive medicine > RA643-645 Disease (Communicable and noninfectious) and public health R Medicine > RA Public aspects of medicine > RA1-1270 Public aspects of medicine > RA421-790.95 Public health. Hygiene. Preventive medicine > RA648.5-767 Epidemics. Epidemiology. Quarantine. Disinfection
Divisions:	09. Sekolah Pasca Sarjana > Ilmu Kedokteran
Creators:	Creators NIM ARYATI, 090214923D UNSPECIFIED
Contributors:	Contribution Name NIDN / NIDK Thesis advisor Indro Handojo, Prof. Dr., dr., SpPK (K) UNSPECIFIED Thesis advisor Soegeng Soegijanto, Prof. Dr., dr., SpA(K), DTM&H UNSPECIFIED Thesis advisor Soetjipto, Prof., dr., M.S., Ph.D UNSPECIFIED
Depositing User:	Nn Husnul Khotimah
Date Deposited:	10 Oct 2016 03:56
Last Modified:	11 Jun 2017 20:06
URI:	http://repository.unair.ac.id/id/eprint/31882
Sosial Share:

Actions (login required)

View Item