SNR ANIEKA ROCHMAH, - (2013) ANALISIS ANTIGENIC SITE DAN PHYLOGENIC GEN HAEMAGLUTININVIRUS AI SUBTIPE H5Nl DARI ISOLAT AYAM KAMPUNG DI BEBERAPA DAERAH DI INDONESIA SEBAGAI KANDIDAT SEED VAKSIN. Thesis thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

Text ANALISIS ANTIGENIC SITE DAN PHYLOGENIC GEN HAEMAGLUTININ VIRUS AI SUBTIPEW H5N1 DARI ISOLAT AYAM.pdf Download (22MB)

Abstract

Flu burung atau Avian Influenza (AI) merupakan penyakit yang bersifat zoonosis terjadi pada unggas dan manusia. Penyakit flu burung disebabkan oleh virus Avian Influenza (AI) tipe A dari famili Orthomyxoviridae. Virus AI dibedakan menjadi Highly Pathogenic Avian Influenza (HP AI) dan Low Pathogenic Avian Influenza (LPAI). Di antara subtipe virus influenza A, subtipe H5, H7 dan H9 telah diketabui mempunyai patogenitas yang tinggi. Kematian pada unggas menimbulkan dampak sosial ekonomi yang sangat serius meliputi : (a) keterpurukan pada industri perunggasan; (b) meningkatnya impor produk peternakan; (c) kepanikan masyarakat yang berakibat pada konsumsi telur dan daging ayam menurun. Virus ini telah mengalami diversifikasi baik genetik maupun antigenik sehingga berpengaruh pada kebutuhan virus sebagai kandidat seed vaksin untuk persiapan apabila terjadi pandemi (WHO, 2012). Virus AI yang ditemukan tabun 2008-2010 diduga telah berubah secara genetik dan antigenik berbeda dengan virus AI yang ditemukan saat terjadi kasus AI tabun 2003-2007. Virus ini dikhawatirkan lebih berbahaya dibandingkan dengan sebelumnya, perubahan tersebut tidak lepas dari karakter dasar virus AI yang mudah bermutasi. Tidak semua vaksin yang terdaftar secara resmi memberikan perlindungan yang memadai dan oleh karena itu seed vaksin secara antigenik dan genetik hams sesuai dengan virus lapang. Pengkajian terhadap vaksin AI hams secara terus menems dilakukan untuk memastikan apakah vaksin masih memberikan perlindungan secara sempuma. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi secara molekuler gen pengkode HA dan daerah antigenik/antigenic site virus AI isolat ayam kampung yang diambil dari beberapa daerah di Indonesia yang akan digunakan sebagai kandidat seed vaksin, dengan cara menganaiisis heterogenitas asam amino pada gen HA virus AI subtipe H5Nl, menentukan kandidat seed vaksin berdasarkan daerah antigenik/antigenic site, dan menganalisis hubungan kekerabatanlphylogenic virus AI antar isolat ayam kampung dari beberapa daerah di Indonesia dibandingkan dengan virus AI lain di Indonesia yang berada di bank gen. Jumlah sampel swab yang diambil sebanyak 33 dan 5 sampel organ terdapat 6 sampel positif dalam uji Reverse transcr;ptase-polymerase chain reaction (R T -peR) menggunakan primer H5NI, selanjutnya dilakukan karakterisasi molekuler terhadap whole gen HA menggunakan empat pasang primer HAlO, HA20, HA30 dan HA40. Sekuensing terhadap DNA sampel yang telah mumi dilakukan dengan bantuan primer M13F dan M13R dengan menggunakan mesin Genetic Analyser AB tipe 3130. Hasil sekuen DNA menunjukkan bahwa ORF (Open Reading Frame) dari gen HA dari virus-virus ini adalah 1689 bp dan ini mengkode 553 asam amino dari HA protein. Hasil penelitian menunjukkan bahwa basil analisis sekuen DNA pada whole gen HA terlihat adanya heterogenitas asam amino terlihat dengan adanya beberapa perbedaan pada asam amino antar isolat yaitu sebesar 0 - 1,1 % dan homologi sebesar 98,9 % - 100 % apabila dibandingkan dengan x AlchickeniLegokl2003 yang dianggap virus AI pertama di Indonesia dan AlchickenIWest JavaIPWT-WIJ/2006 merupakan isolat yang digunakan sebagai master seed vaksin yang beredar pada saat ini. Pada hasil penelitian ini ditemukan variasi genetik pada daerah antigenik dengan adanya beberapa substitusi asam amino pada posisi 53 (R53K), 115 (Rl15Q), 124 (D124N), 185 (E185A) dan 189 (R189M), perubahan ini kemungkinan akibat dari pengaruh lingkungan, bukan pengaruh dari vaksinasi. Pada posisi asam amino 138 dan 140 tidak mengalami perubahan apabila dibandingkan dengan AlChickenIWest JavaIPWT-WU/2006 yang digunakan sebagai seed vaksin sehingga sifat antigenesitas virus tidak berubah. Hasil analisis phylogenetic dan keragaman genetik dengan menggunakan software MEGA 5 menunjukkan bahwa pada pohon phylogenie dari gen HA keenam isolat sampel penelitian termasuk dalam clade 2.1.3.2 dimana mempunyai kedekatan kekerabatan dengan AlChickenIWest JavaIPWT -WIJ/2006 sebagai seed vaksin yang beredar pada saat ini, sehingga keenam isolat tersebut dapat digunakan sebagai kandidat seed vaksin.

Actions (login required)

View Item