UMMI AMALIATUSH SHOLICHAH PUTRI MERDEKAWATI (2023) Deteksi dan Analisis Gen Terkait Biosintesis Rhamnolipid (rhlA, rhlB, rhlC, dan rhlR) pada Pseudomonas aeruginosa Strain UA. Skripsi thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

	Text (HALAMAN JUDUL) 081911433018_HALAMAN JUDUL.pdf Download (1MB)
	Text (BAB I) 081911433018_BAB I.pdf Download (504kB)
	Text (FULLTEXT) 081911433018_FULLTEXT.pdf Restricted to Registered users only Download (1MB) | Request a copy

Abstract

Rhamnolipid adalah biosurfaktan yang memiliki peran di bidang bioremediasi. Rhamnolipid dapat disintesis oleh bakteri Pseudomonas aeruginosa. P. aeruginosa strain UA adalah bakteri yang diisolasi dari lumpur yang tercemar tumpahan minyak. P. aeruginosa UA diharapkan memiliki enzim dan protein yang lebih unggul daripada P. aeruginosa yang lain karena dapat hidup di lumpur berminyak. Karena P. aeruginosa UA merupakan bakteri patogen, maka perlu dilakukan pembentukan strain rekombinan penghasil rhamnolipid yang lebih aman. Sebagai langkah awal pembuatan strain rekombinan, perlu dilakukan deteksi dan analisis gen terkait sintesis rhamnolipid (rhlA, rhlB, rhlC, dan rhlR) oleh P. aeruginosa UA. Deteksi dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction yang akhirnya akan divisualisasikan dengan elektroforesis. Analisis hasil sequencing dilakukan menggunakan software Bioedit, BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), dan UniProt. Hasil BLAST basa nukleotida gen rhlA, rhlB, rhlC, dan rhlR berturut-turut menunjukkan tingkat homologi sebebsar 99.29%, 99.91%, 96.92 % dan 99.86% dengan gen penyandi rhlA, rhlB, rhlC, dan rhlR P. aeruginosa PAO1 (Genbank, accession number CP053028.1 REGION 1622839...1623684; CP053.028.1 REGION 1623872...1624994; CP053.028.1 REGION 4292861...4293673; CP053.028.1 REGION 1625196...1625892). Sedangkan hasil BLAST protein hasil translasi gen rhlA, rhlB, rhlR, P. aeruginosa UA memiliki kesamaan sebesar 100% dengan protein dari translasi gen rjlA, rhlB, dan rhlR P. aeruginosa PAO1 (GenBank, accession number: WP_003092013.1; WP_003092007; WP_003119559.1). Sedangkan protein hasil translasi gen rhlC P. aeruginosa UA memiliki kesamaan sebesar 97.69% dengan hasil translasi gen rhlC P. aeruginosa PAO1 (GenBank, accession number WP_003112489.1). Berdasarkan analisis menggunakan NCBI Conserved Domain Search dan UniProt, dikonfirmasi bahwa gen rhlA, rhlB, rhlC, dan rhlR adalah enzim 3-(3-hydroxydecanoyloxy) dekanoat sintase, Rhamnosiltransferase rantai B, Rhamnisiltransferase, dan transcriptional regulator RhlR yang termasuk ke famili Alfa/beta hidrolase, Glikosiltransferase, dan Regulator transkripsional.

Actions (login required)

View Item