MUCHAMMAD ZAENAL FANANI, 080610100 (2010) PEMODELAN STRUKTUR 3-DIMENSI DAN DOCKING ENZIM Α-L-ARABINOFURANOSIDASE WILD-TYPE DAN MUTAN (THREE DIMENSIONAL STRUCTURE MODELING AND DOCKING OF Α-L-ARABINOFURANOSIDASE FROM WILD-TYPE AND MUTANT). Skripsi thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

Preview	Text (ABSTRAK) gdlhub-gdl-s1-2011-fananimuch-16714-mpk115-k.pdf Download (441kB) | Preview
	Text (FULLTEXT) gdlhub-gdl-s1-2011-fananimuch-14054-mpk115-p.pdf Restricted to Registered users only Download (2MB) | Request a copy

Abstract

Kemampuan aktivitas katalitik enzim α-L-arabinofuranosidase sangat memungkinkan untuk ditingkatkan dengan cara melakukan rekayasa protein. Teknik rekayasa protein menggunakan site-directed mutagenesis menghasilkan varian yang mengalami mutasi pada residu asam amino tertentu. Mutasi asam amino Glu29→Gln, Arg298→Trp pada enzim α-L-arabinofuranosidase menyebabkan perubahan aktivitas katalitik dan pH optimum enzim. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan pemodelan struktur protein dengan menggunakan teknik homologi untuk mempelajari pengaruh mutasi terhadap struktur 3D dan kompleks enzim-substrat dengan melakukan pemodelan dan docking. Pemodelan struktur 3D enzim Abfa IT-08, E29Q dan W298R menggunakan EasyModeller 2.1 dengan variasi template 1PZ3, 2C8N dan 2VRK. Model terbaik dalam setiap struktur enzim dipilih berdasarkan program analisis struktur protein PROCHECK, Dfire dan QMean. Analisis pengaruh mutasi terhadap struktur protein dilakukan menggunakan program SUPERPOSE dan docking Abfa dengan substrat pNP-A menggunakan program Autodock4 dan Autodock vina. Hasil pemodelan menunjukkan bahwa model struktur Abfa IT-08, E29Q dan W298R menggunakan multiple template 1PZ3, 2C8N dan 2VRK diperoleh model terbaik. Hasil analisis SUPERPOSE menunjukkan adanya perubahan struktur yang ditunjukkan oleh besarnya nilai global RMSD. Hasil docking menunjukkan adanya perubahan jumlah interaksi ikatan hidrogen, jumlah asam amino yang berinteraksi, besar energi pengikatan dan model posisi substrat pNP-A terhadap sisi aktif enzim.

Actions (login required)

View Item