CHAIRUL ANWAR NIDOM
(2005)
ANALISIS MOLEKULER GENOMA VIRUS AVIAN INFLUENZA H5N1 DI INDONESIA.
Disertasi thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.
Abstract
Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui adanya mutasi pada genoma virus Avian Influenza (AI) subtipe H5N1 yang berasal dari berbagai daerah di Indonesia. Dimulai sejak pertengahan tahun 2003 sampai dengan pertengahan 2005, telah terjadi wabah pada peternakan ayam di Indonesia yang telah membunuh jutaan ekor ayam di pulau Jawa, Bali, Kalimantan, Sulawesi dan Sumatera. Penyebab wabah ini telah diketahui disebabkan oleh virus AI subtipe H5N1. Di samping menginfeksi ayam, virus AI ini juga telah menginfeksi babi. Virus Influenza merupakan virus RNA yang termasuk dalam famili orthomyxoviridae, yang dapat menginfeksi unggas, mamalia dan manusia. Virus Influenza ini agak unik karena genoma virus ini terfragmentasi ke dalam beberapa fragmen, masing¬-masing memiliki satu atau dua gen.Virus Influenza dibagi menjadi tiga tipe yaitu A, B dan C, tergantung pada susunan material genetiknya. Virus AI termasuk dalam virus Influenza A dengan genoma terdiri dari delapan fragmen yang akan menghasilkan protein masing¬-masing, yaitu terdiri dari HA atau H (hemaglutinin), NA atau N (neuraminidase), PA (polymerase acidic), PBl (polymerase basicl), PB2 (polymerase basic 2), NP (nukleoprotein), NS (Non-Struktural), dan M (matriks). Gen HA dan NA akan mengkode untuk menghasilkan protein permukaan, sisanya enam gen mengkode untuk menghasilkan protein internal. Gen M dan NS akan menghasilkan dua macam protein, secara berurutan yaitu protein M1,M2 dan NS1, NS2. Sementara itu, enam fragmen sisanya hanya mengkode untuk menghasilkan satu protein. Virus Influenza A selanjutnya dibagi dalam subtipe berdasarkan struktur protein permukaannya. H5N1 merupakan salah satu subtipe virus Influenza A ( yang berarti alela HA ke lima dan NA pertama). Gen HA dan NA, karena mengkode protein permukaan, mempunyai peran penting dalam rancangan vaksin yang spesifik untuk masing-masing subtipe. Lagi pula, hasil gen HA (hemaglutinin) digunakan oleh virus untuk menempel pada reseptor spesifik sel inang yang diketahui sebagai tropism cell. VirusRNA, tidak seperti virus DNA, menunjukkan kecenderungan mudah terjadi mutasi. Mutasi yang terjadi dalam virus Influenza ada dua macam : antigenic drift dan antigenic shift. Antigenic drift disebabkan karena terjadi mutasi secara acak (random), kebanyakan mutasi titik, sementara itu antigenic shift menghasilkan reassorment gen, ketika dua macam virus yang berbeda seperti virus AI dengan HI (Human Influenza) menginfeksi hewan yang sama seperti babi, karena virus AI dan HI masing-masing mempunyai reseptor spesifik yang berbeda. Infeksi ganda antara AI dan HI ini dan karena genomanya terfragmentasi tersebut menyebabkan kemungkinan munculnya virus barn yang berisi gen dari AI dan HI. Jika virus bare ini memiliki gen HA dari manusia, mengakibatkan virus baru ini dapat menular antar manusia, menyebabkan timbulnya epidemik atau bahkan pandemik, karena adanya hasil gen AI tidak akan dikenali oleh sistem imun manusia. Dalam penelitian ini, sampel diperoleh dari ayam (organ) dan babi (usapan hidung). Virus AI diinokulasi pada Telur Ayam bertunas (TAB) yang bersifat Specific Pathogen Free (SPF). Cairan alantois selanjutnya diuji dengan uji HA (Hemaglutination test). Cairan alantois yang akan digunakan untuk penelitian selanjutnya jika menunjukkan titer minimum 108. Dan prosedur tersebut diperoleh sampel sebanyak 21 sampel (19 sampel dari ayam dan dua sampel dari babi). RNA virus yang diisolasi dari sampel positif tersebut dilakukan RT-PCR (Reverse Transcriptase- Polymerase Chain Reaction) dan cDNA yang dihasilkan selanjutnya di sekuensing untuk menentukan urutan nukleotida dari delapan fragmen. Urutan nukleotida yang diperoleh kemudian di analisis filogenetik dan dibandingkan dengan data dan negara¬negara yang mengalami wabah H5N1 dari GenBank. Hasil peneltian ini dapat disimpulkan sebagai berikut : 1. Semua isolat menunjukkan adanya asam amino basic yang banyak (multiple basic amino acids) yaitu arginin dan lisin, pada cleavage site yang menunjukkan bersifat Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI). 2. Semua isolat mempunyai asam amino glutamat pada posisi nomer 92 dari protein NS 1 yang menunjukkan sifat resisten terhadap IFN dan TNF- . 3. Meskipun urutan nukleotida masing-masing gen bervariasi antar isolat, namun urutan tersebut menunjukkan tingkat homologi yang tinggi yaitu lebih dari 90% yang paling rendah pada gen PB1 yaitu 93,8% dan yang tertinggi pada gen NA sebesar 99,9%. 4. Analisis kekerabatan dari gen HA dan NA menunjukkan gen NA hanya mempunyai satu grup (kerabat), sementara itu gen HA memiliki dua grup (kerabat) yang berbeda yang sangat penting untuk merancang vaksin. 5. Isolat Indonesia jika dibandingkan dengan data dari GenBank menunjukkan berada dalam satu grup yang mempunyai kedekatan virus H5N1 dari China (Guangdong dan Yunan), tetapi mempunyai janak kekerabatan yang jauh dengan isolat dari Vietnam dan Thailand yang menggambarkan adanya satu sumber isolat Indonesia. 6. Tidak terjadi antigenic shift, kecuali hanya antigenic drift, yang terdeteksi pada isolat Indonesia yang berarti pada saat ini, setidaknya belum muncul virus baru yang mampu menular antar manusia.
| Item Type: |
Thesis
(Disertasi)
|
| Additional Information: |
KKA KK Dis K 12/07 Nid a |
| Uncontrolled Keywords: |
Influenza virus, Avian Influenza virus H5N1 subtype, genetic drift, genetic shift, hybrid virus, interhuman transmission, chicken, pig |
| Subjects: |
R Medicine > RA Public aspects of medicine > RA1-1270 Public aspects of medicine > RA421-790.95 Public health. Hygiene. Preventive medicine |
| Divisions: |
09. Sekolah Pasca Sarjana > Ilmu Kedokteran |
| Creators: |
| Creators | NIM |
|---|
| CHAIRUL ANWAR NIDOM | UNSPECIFIED |
|
| Contributors: |
| Contribution | Name | NIDN / NIDK |
|---|
| Thesis advisor | H. Purnomo Suryohudoyo, Prof., dr | UNSPECIFIED | | Thesis advisor | H. Soetjipto, Prof., dr., M.S., Ph.D | UNSPECIFIED | | Thesis advisor | Fedik Abdul Rantam, Dr., drh | UNSPECIFIED |
|
| Depositing User: |
Nn Husnul Khotimah
|
| Date Deposited: |
27 Sep 2016 07:10 |
| Last Modified: |
12 Jun 2017 17:03 |
| URI: |
http://repository.unair.ac.id/id/eprint/31922 |
| Sosial Share: |
|
|
|
Actions (login required)
 |
View Item |
