VICTOR EKA NUGRAHAPUTRA, 090315197 M (2005) GENOTIPE DAN SUBTIPE VIRUS HEPATITIS B PADA PENDONOR DARAH DENGAN HEPATITIS B SURFACE ANTIGEN (HBsAg) POSITIF DI JAYAPURA, PROVINSI PAPUA, INDONESIA. Thesis thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

Preview	Text (ABSTRAK) gdlhub-gdl-s2-2006-nugrahaput-1991-tkd19--6.pdf Download (1MB) | Preview
Preview	Text (FULL TEXT) gdlhub-gdl-s2-2006-nugrahaput-1991-tkd19--6.pdf Download (1MB) | Preview

Abstract

Pada tahun 2000, Core Working Party for Asia-Pasific Consensus on Hepatitis B and C menyatakan bahwa Indonesia memiliki tingkat endemisitas hepatitis B sedang sampai tinggi. Angka pengidap virus hepatitis B di antara pendonor darah sukarela di sebelas kota besar di Indonesia berkisar antara 2,1%-9,5%, sementara itu di Jayapura, Provinsi Papua, angka tersebut pernah mencapai 17,5%. Pada saat ini, deiapan genotipe dan sembilan subtipe virus hepatitis B telah teridentifikasi di seluruh dunia. Baik genotipe maupun subtipe virus hepatitis B memperlihatkan perbedaan dalam distribusi geografis, karakteristik klinik dan virologik serta dapat memberikan informasi historik tentang pola migrasi nenek moyang penduduk setempat. Data epidemiologi molekuler yang tersedia saat ini tentang pola genotipe dan subtipe virus hepatitis B di Jayapura bersumber dari beberapa penelitian yang dilakukan dengan menggunakan spesimen serum yang diambil pada waktu lebih dari satu dekade yang lalu dengan jumlah sampel terbatas. Hal ini berarti bahwa gambaran terkini tentang pola genotipe dan subtipe virus hepatitis B di Jayapura, khususnya pada kelompok pendonor darah, belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan pola genotipe dan subtipe virus hepatitis B pada pendonor darah dengan Hepatitis B surface Antigen (HBsAg) positif di Jayapura. Sampel serum diperoleh dari pendonor darah di Unit Transfusi Darah Palang Merah Indonesia Cabang Jayapura dari bulan September 2004 sampai Januari 2005. Sampel serum diuji saring untuk deteksi HBsAg dengan metode immunochromatography dan selanjutnya dilakukan penentuan HBsAg dengan metode enzyme-linked immunosorbent assay. Pada sampel serum dengan HBsAg positif ditentukan genotipe dan subtipe virus hepatitis B. DNA virus hepatitis B diekstraksi dari 60 iii sampel serum menggunakan DNAzoI Reagent (Invitrogen). Amplifikasi bagian dari gen S dilakukan dengan po/ymerase chain reaction (PCR) menggunakan primer sense P7 (5'-GTG GTG GAC TIC TCT CM TTT TC-3; posisi 256-278) dan primer antisense P8 (5'-CGG TAW AAA GGG ACT CAM GAT-3'; posisi 796-776). Jika amplifikasi PCR first-round ini negatif, PCR second-round dilakukan menggunakan primer sense HBS1 (5'-CAA GGT ATG TTG CCC GTT TG-3'; posisi 455-474) dan primer antisense HBS2 (5'-AAA GCC CTG CGA ACC ACT GA-3'; posisi 713-694). Kendisi siklus untuk kedua round PCR adalah 40 siklus pada 94°C selama 1 menit, 55°C selama 1 menit dan 72°C selama 2 menit. Produk PCR divisualisasikan dengan eiektroforesis menggunakan gel agarose 2% yang telah diwarnai dengan ethidium bromide. Produk PCR dipurifikasi menggunakan QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen), selanjutnya di-label menggunakan Big Dye Terminator vl.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems) dan disekuens menggunakan ABI Prism 310 Genetic Analyzer (Perkin Elmer). Sekuens nukleotida virus hepatitis B dari pendonor darah di Jayapura dibandingkan dengan sekuens nukleotida virus hepatitis B dari bank data DNA internasional (DDBJ/EMBL/GenBank). Genotipe virus hepatitis B ditentukan berdasarkan persentase homologi leb:h dari 96% pada level gen S menggunakan perangkat lunak komputer Genetyx-Mac version 10.1.2 (Software Development Co., Ltd., Tokyo, Jepang). Pohon filogenetik direkonstruksi menggunakan Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages (UPGMA) clustering. Sekuens nukleotida virus hepatitis B dikonversi menjadi sekuens asam amino dan dilakukan multiple alignment. Subtipe virus hepatitis B ditentukan dengan analisis substitusi asam amino pada posisi 122, 127, 134, 159, 160 dan 177 pada gen. S. Empat puluh tiga (4,6%) dari 925 pendonor darah memperlihatkan HBsAg positif, dengan rentang usia 18,0-47,7 tahun, dan rata-rata usia 29,7 tahun (laki-laki:perempuan = 42:1). Tiga puluh enam (83,7%) dari 43 sampe: berasal dari pendonor darah asli Papua, sedangkan sisanya berasal dari non Papua. DNA virus hepatitis B terdeteksi pada 40 (93,0%) dari 43 sampel; 17 (42,5%) dari 40 sampel pada PCR first-round dan 23 (57,5%) sampel lainnya pada PCR second-round. Pada 27 (62,5%) dari 40 sekuens nukleotida sampel dilakukan penentuan genotipe dan subtipe virus hepatitis B. Dua puluh tiga (85,2%) dari 27 isolat termasuk genotpe C, 2 (7,4%) isolat termasuk genotipe B dan 2 (7,4%) isolat termasuk genotipe D. Subtipe adr(85,2% dari 27 isolat) merupakan subtipe virus hepatitis B predominan, diikuti subtipe adw2 (7,4%) dan subtipe ayw2 (7,4%). Semua subtipe adr termasuk dalam genotipe C, demikian pula semua subtipe adw2 dalam genotipe B dan semua subtipe ayw2 dalam genotipe D. Tiga belas (56,5%) dari 23 isolat subtipe adr tidak memiliki determinan q, sedangkan 10 (43,5%) isolat lainnya memiliki determinan q. Berdasarkan analisis filogenetik sebagian gen S, 20 (87,0%) dari 23 isolat virus hepatitis B C/adr pada penelitian ini membentuk satu c/usterterpisah, 1 (4,3%) isolat dalam cluster Melanesia dan Polinesia serta 2 (8,7%) isolat dalam c/usterJepang, Korea dan Cina. Hasil penelitian ini memperlihatkan bahwa virus hepatitis B genotipe C predominan pada pendonor darah dengan HBsAg positif di Jayapura. Hasil ini mirip dengan hasil penelitian sebelumnya dan menguatkan fakta bahwa virus hepatitis B genotipe C predominan di bagian paling timur Indonesia. Penelitian ini juga memperlihatkan bahwa virus hepatitis B subtipe adr predominan. Tiga observasi sebelumnya pada murid Sekolah Dasar etnis Papua, pendonor darah dan penduduk dewasa asli Papua di Jayapura juga memperlihatkan pola yang sarna. Hasil penelitian ini menegaskan kembali fakta bahwa Jayapura berada dalam zona adr. Pada tahun 1997, Mulyanto et al. menyatakan bahwa nenek moyang penduduk bagian paling timur Indonesia yang terinfeksi virus hepatitis B subtipe adrtarnpaknya datang dari Melanesia di mana subtipe adr banyak ditemukan. Isolat virus hepatitis B dari New Caledonia (Melanesia) dan French Polynesia (Polinesia) termasuk dalam subtipe adrq-. irlenariknya, hasil penelitian ini justru memperlihatkan bahwa 43,5% isolat virus hepatitis B subtipe adr di Jayapura memiliki determinan q seperti isolat dari Jepang, Korea, Cina, Vietnam, Myanmar dan Thailand. Temuan ini membuka pemikiran baru yang masih perlu dikaji lebih jauh tentang adanya pola migrasi tambahan dari nenek moyang penduduk asli Papua. Hasil analisis filogenetik pada penelitian ini dapat menjadi pendorong untuk dilakukannya penelitian lebih lanjut untuk mengetahui kekerabatan isolat virus hepatitis B C/adrdari Jayapura dengan isolat subgrup C1 dari Asia Tenggara serta dengan isolat dari populasi Aborigin di Australia. Sebagai kesimpulan, hasil penelitian ini menguatkan temuan sebelumnya bahwa Jayapura termasuk dalam zona C/adr. Namun, dengan teridentifikasinya subtipe adrq+ terungkap fakta bahwa virus hepatitis B C/adr di Jayapura tidak hanya dikaitkan dengan virus hepatitis B C/adr dari Melanesia dan Polinesia, seperti diasumsikan selama beberapa tahun terakhir. Penelitian lebih jauh diperlukan untuk mengklarifikasi karakteristik cluster virus hepatitis B C/adr dari Jayapura yang terpisah, balk dari cluster Melanesia dan Polinesia maupun dari c/usterJepang, Korea dan Cina.

Actions (login required)

View Item