RIZKI ANDALUSIA, 090810505 M (2011) ANALISIS ANTIGENITAS BERDASARKAN SUSUNAN NUKLEOTIDA, ASAM AMINO DAN PEPTIDA PADA INFECTIOUS MYO NECROSIS VIRUS YANG MENYERANG UDANG PUTIH (Litopenaeus vannamei) PENELITIAN EKSPERIMENTAL LABORATORIK. Thesis thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

Preview	Text (ABSTRAK) gdlhub-gdl-s2-2013-andalusiar-24488-6.abst-t.pdf Download (90kB) | Preview
	Text (FULLTEXT) 15.pdf Restricted to Registered users only Download (937kB) | Request a copy

Abstract

Infectious Myo Necrosis Virus (IMNV) yang menyerang budidaya udang putih (Litopenaeus vannamei) mengakibatkan kematian secara bertahap dan terakumulasi. Angka kematian pada udang vannamei akibat infeksi IMNV di Indonesia masih tinggi. Oleh karena itu, diperlukan suatu upaya pencegahan dengan merangsang terbentuknya kekebalan terhadap IMNV dalam jangka waktu lama yaitu melalui pengembangan immunostimulan. Virus IMNV merupakan salah satu virus RNA yang memiliki tingkat mutasi yang tinggi dan waktu replikasi yang pendek. Hal tersebut mendasari dilakukannya penelitian yang berkelanjutan untuk memberikan informasi tentang antigenisitas yang menyebabkan virus ini bersifat patogen dan perkembangan genetik IMNV sebagai bahan pertimbangan desain kandidat immunostimulan untuk mencegah mewabahnya IMNV pada udang vannamei di Indonesia. Secara umum penelitian ini bertujuan untuk mengetahui urutan nukleotida, asam amino dan peptida pada IMNV yang menyerang L. vannamei pada tahun 2011 sebagai data dasar informasi genetik. Sedangkan secara khusus penelitian ini dilakukan untuk menentukan homologi secara genetik IMNV yang menyerang L. vannamei dengan IMNV yang sudah ada pada GenBank, serta untuk menentukan antigenesis berdasarkan analisis nukleotida, asam amino dan peptida yang patogen dari IMNV pada L. vannamei. Penelitian dilakukan mulai bulan Desember 2010 sampai dengan Maret 2011. Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian observatif dengan menggunakan sampel udang putih yang terinfeksi IMNV yang diambil dari beberapa wilayah, yaitu Lamongan, Tuban, Bangil, Situbondo, dan Probolinggo. Udang vannamei yang terinfeksi IMNV tersebut diskrining dengan menggunakan teknik reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) dan dilanjutkan dengan analisis hasil sekuensing untuk pengamatan terhadap urutan nukleotida, analisis homologi, pohon filogenetik, prediksi ukuran asam amino, prediksi epitop, sifat hidrofobik dan hidrofilik. Hasil yang diperoleh dari analisis nukleotida, asam amino, dan peptida IMNV yaitu terdapat homologi sebesar 98-100% pada sampel yang berasal dari Lamongan, Tuban, Bangil dan Situbondo dengan isolat yang sudah dilaporkan GenBank yaitu AY570982 (IMNV complete genome) dan EF061744 (IMNV complete genome, from Indonesia). Terdapat perbedaan urutan nukleotida (mutasi titik) pada sampel dari Bangil bila dibandingkan dengan sampel dari tiga kota yang lain pada posisi 4641. Perbedaan nukleotida juga terjadi pada posisi 4710 namun hal ini sama dengan urutan nukleotida dari GenBank EF061744 genom IMNV dari Indonesia. Hasil penelitian juga menunjukkan bahwa tidak terdapat perubahan urutan asam amino pada sampel (tidak ada mutasi secara genotip). Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan, maka sebaiknya desain immunostimulan yang digunakan adalah yang sesuai dengan susunan nukleotida pada tiga kota yaitu Lamongan, Tuban dan Situbondo karena mempunyai 100% homologi, sedangkan sampel Bangil memiliki perbedaan susunan nukleotida sehingga tidak dapat digunakan sebagai dasar untuk desain kandidat imunostimulan karena tidak dapat mewakili gambaran susunan nukleotida pada udang putih yang terinfeksi IMNV di Jawa Timur.

Actions (login required)

View Item