Eryk Hendrianto, 080941006 (2013) STABILITAS GEN PENGKODE PROTEIN ENVELOPE (E) VIRUS DENGUE SEROTIPE 1 SEBAGAI KANDIDAT VAKSIN ISOLAT INDONESIA. Thesis thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

Preview	Text (ABSTRAK) gdlhub-gdl-s2-2013-hendrianto-27041-6.abstr-k.pdf Download (354kB) | Preview
	Text (FULL TEXT) gdlhub-gdl-s2-2013-hendrianto-27041-1.full text.pdf Restricted to Registered users only Download (2MB) | Request a copy

Abstract

Epidemi dengue menyerang berbagai negara di dunia, khususnya negara-negara tropis dan subtropis. Infeksi dengue disebabkan oleh virus dengue (DV) yang memiliki serotipe (DV1, DV2, DV3, dan DV4. Dengue virus merupakan salah satu virus anggota dari famili Flaviviridae diperkirakan telah menjangkiti pada sekitar 50-100 juta manusia dengan 500.000 kasus di antaranya dalam manifestasi yang ganas yang dikenal sebagai dengue haemorrhagic fever dan dengue shock syndrome dan 25.000 di antaranya berakibat kematian. Pengembangan vaksin merupakan salah satu solusi yang diharapkan dapat menekan penyebaran penyakit tersebut. Pengembangan vaksin di Indonesia saat ini adalah chimera dengan menggunakan DV3 sebagai backbone dengan clone sub unit DV1, DV2, DV4. Stabilitas masing masing serotipe perlu diuji dulu setelah beberapa kali blind passage (Bp) dalam sel vero sebelum digunakan untuk clone. Dengue virus dikultur pada sel vero dan dilakukan Bp secara rutin. Pada penelitian ini menguji stabilitas serotipe DV1 setelah 60 kali Bp pada sel vero. PCR dilakukan menggunakan PCR two step pada bagian protein E (envelope), yang merupakan bagian virus yang paling antigenik, patogenitas virus dengue tergantung protein E yang berperan penting pada fase attachment antara virus dengue dengan sel target. Pada PCR protein E DV1 menunjukkan stabil di posisi 562 bp dari Bp 10, 20, 30, 40, 50 dan 60. Hasil sekuensing menunjukkan adanya perubahan komposisi jumlah nukleotida dari Bp 0 menuju Bp 60 sebesar 10 nukleotida (1,95%), variable sites nukleotida dari Bp 0 ke Bp 60 terdapat 6 variable sites (1, 2 %), jarak komposisi antar nukleotida Bp 0 ke Bp 60 sebesar 4%, jarak sekuensing nukleotida antara Bp 0 dengan Bp 60 sebesar 1%. Variable sites asam amino dari Bp 0 ke Bp 60 terdapat 2 variable sites (1, 2 %), jarak asam amino dari Bp 0 ke Bp 60 sebesar 1%. Menggunakan BLAST, nukleotida Bp 0 yang dibandingkan dengan Bp 60 memiliki kemiripan yang tinggi yaitu 99% dan untuk protein Bp 0 dengan Bp 60 sebesar 99%. Perbandingan antigenic sites pada Bp 0 dengan 60 terjadi perbedaan sekitar 57%, terjadi pengurangan 1 peptida PRDLAATASDSSCKEA akan tetapi ada penambahan 3 peptida yaitu DSSCKEA, PECKIN, RSTLELH. Kesimpulan penelitian ini adalah nukleotida dari Bp 0 ke Bp 60 terjadi perubahan 6 nukleotida (1, 2%), protein E virus dengue serotipe 1 yang menyebabkan perubahan 2 asam amino (1, 2%) sehingga terjadi perubahan antigenic site protein envelope (E) virus dengue serotipe 1, perubahan yang terjadi pada Bp 60 adalah pengurangan 1 peptida PRDLAATASDSSCKEA dan penambahan 3 peptida DSSCKEA, PECKIN, RSTLELH, perubahan 4 peptida pada antigenic sites adalah 57%.

Actions (login required)

View Item