Rizal Koen Asharo, 081514153014 (2017) IDENTIFIKASI VIRUS RNA PENYEBAB PENYAKIT MOSAIK TEBU (Saccharum officinarum L.) SECARA SIMULTAN MENGGUNAKAN MULTIPLEX-RT-PCR. Thesis thesis, Universitas Airlangga.

Preview	Text (abstrak) abstrak.pdf Download (17kB) | Preview
	Text (full text) TESIS RIZAL KOEN ASHARO 081514153014.pdf Restricted to Registered users only until 27 September 2020. Download (1MB)

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis virus RNA yang menyebabkan penyakit mosaik pada empat varietas tebu (Saccharum officinarum L.) di Indonesia berdasarkan deteksi secara simultan menggunakan multiplex-RT-PCR sekaligus kekerabatan antar jenis virus RNA yang menyebabkan penyakit mosaik pada empat varietas tebu di Indonesia dari hasil analisis sekuen gen cp. Penelitian ini merupakan penelitian eksploratif laboratorium dengan menggunakan metode analisis deskriptif. Tahapan penelitian ini adalah pengumpulan sampel empat varietas tanaman tebu yang bergejala penyakit mosaik tebu dilanjutkan isolasi RNA sampel, tahapan RT-PCR, visualisasi RT-PCR dengan elektroforesis gel agarose 1%, pengurutan basa fragmen DNA, dan terakhir analisis kekerabatan antar jenis virus berdasarkan sekuen yang telah dideposit pada GeneBank menggunakan software BLAST. Hasil penelitian menunjukkan penyakit mosaik pada empat varietas tebu pada empat lokasi di Jawa Timur, Indonesia terdiri dari beberapa jenis berdasarkan deteksi molekuler RT-PCR baik secara singleplex-RT-PCR ataupun multiplex-RT-PCR yaitu SCMV dan SCSMV yang secara berturut-turut ditandai dengan pita yang berpendar pada daerah sekitar 1000bp dan sekitar 500bp. Deteksi molekuler dengan metode multiplex-RT-PCR dinilai lebih unggul dibandingkan singleplex-RT-PCR karena mampu mendiagnosis beberapa jenis virus RNA mosaik tebu sekaligus sehingga lebih praktis dan bisa menghemat waktu. Deteksi SCMV terhadap isolat asal Magetan, dan Madiun menunjukkan kesamaan ukuran DNA virus dari empat lokasi dan dua varietas tebu yang berbeda yaitu pada ukuran sekitar 1000bp. Tingkat kesamaan sekuen DNA sampel dibandingkan dengan 20 isolat SCMV yang paling identik dalam GeneBank berkisar antara 89-91%. SCMV yang menyerang perkebunan tebu di Jawa Timur di dua wilayah yaitu Magetan, dan Madiun merupakan klaster SCMV yang masih berkerabat dekat dengan isolat SCMV dari Argentina. Sedangkan deteksi SCSMV terhadap isolat asal Situbondo, Jember, Magetan dan Madiun menunjukkan kesamaan ukuran DNA virus dari empat lokasi dan dua varietas tebu yang berbeda yaitu pada ukuran sekitar 500 bp. Tingkat kesamaan sekuen DNA sampel dibandingkan dengan 20 isolat SCSMV yang paling identik dalam GeneBank berkisar antara 92-98%. SCSMV yang menyerang perkebunan tebu di Jawa Timur di empat lokasi yaitu Situbondo, Jember, Magetan dan Madiun merupakan klaster SCSMV yang masih berkerabat dekat dengan isolat SCMV dari Pakistan atau India.

Actions (login required)

View Item