MARIS KURNIAWATI, 081517027313 (2019) KLONING GEN PENYANDI ENZIM 1,3-β-GLUKANASE MELALUI PENDEKATAN PUSTAKA METAGENOMIK cDNA DARI DIGESTIVE GLAND Achatina fulica SEBAGAI KANDIDAT ANTIBIOFILM CANDIDA. Disertasi thesis, Universitas Airlangga.

	Text (Abstrak) Dis.M. 10 - 19 Kur k Abstrak.pdf Download (342kB)
	Text (Daftar Isi) Dis.M. 10 - 19 Kur k Daftar Isi.pdf Download (253kB)
	Text (Daftar Pustaka) Dis.M. 10 - 19 Kur k Daftar Pustaka.pdf Download (299kB)
	Text (Fulltext) Dis.M. 10 - 19 Kur k.pdf Restricted to Registered users only until 17 July 2022. Download (2MB) | Request a copy

Abstract

Kloning Gen Penyandi Enzim 1,3 - Β - Glukanase Melalui Pen dekatan Pustaka Metagenomik cDNA d ari Digestive Gland Achatina Fulica s ebagai Kandidat Antibiofilm Candida Maris Kurniawati, Afaf Baktir, Purkan Enzim 1,3 - β - glukanase diperlukan untuk memenuhi berbagai kebutuhan, antara lain memp roses biomassa menjadi bioenergi, industri pakan ternak, industri pulp dan kertas dan industri detergen serta pemanfaatan di bidang kesehatan sebagai anti - biofilm Candida pada kondisi kandidiasis. Tujuan dari penelitian ini adalah mengkonstruksi pustaka m etagenomik cDNA dari digestive gland A. fulica , melakukan penapisan suatu gen penyandi 1,3 - β - glukanase novel menggunakan substrat laminarin, m enganalisis karakteristik enzim 1,3 - β - glukanase rekombinan yang diperoleh, serta memprediksikan struktur tersier dan spesifitasnya berdasarkan analisis in silico . Metode penelitian ini meliputi tahapan antara lain: 1) Isolasi RNA total. 2) Sintesis cDNA menggunakan LD ( long distance ) PCR. 3) Konstruksi Pustaka cDNA. 4) Identifikasi Pustaka Teramplifikasi. 5) Penapisan E. coli rekombinan berdasarkan aktivitas 1,3 - β - glukanase. 6) Penentuan sensitivitas pr otein secara in silico . P ustaka cDNA dengan efisiensi tinggi telah berhasil dikonstruksi dari sistem digestive Achatina fulica , yaitu menunjukkan nilai titer = 1,1 x 10 10 Pfu/mL. Sejumlah 1 μL dari suspensi pustaka cDNA yang diencerkan 10 6 kali menghasil kan 17 klon positif terhadap substrat laminarin. Hasil penapisan pustaka ekspresi metagenomik diperoleh satu gen novel endo - 1,3 - β - glukanase mkafGlu1 dari sistem digestive Achatina fulica. Sekuen nukleotida mkafGlu1 telah terdaftar pada GeneBank NCBI dengan kode akses No. MH206587. Hasil pensejajaran menunjukkan mkafGlu1 merupakan representasi baru dari anggota famili G likosida H idrolase 16 (GH16) dengan EC 3.2.1.39 . Gen mkafGlu1 tersusun atas 717 bp, yang urutannya menunjukkan homologi tertinggi dengan β - glukanase dari Holiotis discus hannai , sebesar 45%. Urutan asam amino deduksi menunjukkan urutan sejumlah 239 AA, sesuai denga n data berat molekul yang ditentukan menggunakan SDS - PAGE dan zymogram adalah 26,61 kDa. MKAFGlu1 bekerja dengan suhu optimum 40 o C dan dua puncak pH adalah pH 7 dan pH 3 , dengan aktivitas 1,07 U/ml. Enzim MKAFGlu1 memiliki keunikan karakteristik asidofilik dan alkalofilik glukanase. Enzim MKAFGlu1 merupakan 1,3 - 1,6 - β - glukanase yang dapat memotong 1,3 - β - dan 1,6 - β - ikatan glikosidik. Sedangkan hasil in silico menunjukkan bahwa mkafGlu1 memiliki spesifisitas tertinggi terhadap laminarin (substrat 1,3 - 1,6 - β - gl ukanase), dibandingkan dengan substrat barley - β - glukan dan CMC. Hal ini mendukung kesimpulan bahwa mkafGlu1 termasuk representasi baru dari GH16. Hasil in silico juga menunjukkan bahwa enzim MKAFGlu1 bekerja berdasarkan mekanisme retensi dalam reaksinya te rhadap substrat.

Actions (login required)

View Item