SAIFUR REHMAN, - (2022) Epidemiologi Molekuler dan Faktor Risiko Terkait Virus Avian Influenza A Subtipe H5 dan H9 pada Unggas Pasar Burung Hidup Jawa Timur, Provinsi Indonesia. Disertasi thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

	Text (HALAMAN I) 061927117301 HALAMAN I.pdf Download (196kB)
	Text (BAB I) 061927117301 BAB I.pdf Download (63kB)
	Text (FULL TEXT) 061927117301.pdf Restricted to Registered users only Download (2MB) | Request a copy

Abstract

Virus Avian influenza A subtipe H5N1 dan H9N2 adalah patogen zoonosis menular yang beredar di Indonesia dan menimbulkan kekhawatiran akan potensi dampaknya terhadap unggas dan kesehatan masyarakat. Studi cross-sectional dilakukan untuk memperkirakan prevalensi, menentukan karakterisasi molekuler, analisis filogenetik dan faktor risiko terkait virus avian influenza A subtipe H5 dan H9 pada unggas di pasar unggas hidup di empat kota di provinsi Jawa Timur, Indonesia. Sebanyak 600 sampel usap trakea dan kloaka (267 dari halaman belakang, 179 dari ayam pedaging, dan 154 dari lapisan) dari unggas sehat dikumpulkan. Sampel diinokulasi ke dalam telur berembrio berumur 9 hari tertentu melalui rongga allantoic. Skrining awal dilakukan melalui HA dan HI. Sampel positif selanjutnya diidentifikasi melalui qRT-PCR. Genom lengkap telah diurutkan, dan karakterisasi filogenetik dan molekuler telah dilakukan. Faktor risiko dianalisis secara statis melalui regresi logistik. Prevalensi keseluruhan subtipe AIV H5 dan H9 adalah 3,8% (23/600). Prevalensi lebih tinggi di pekarangan sebesar 5,99% (16/267) diikuti ayam pedaging 2,23% (4/179) dan ayam petelur 1,68% (3/154). Analisis filogenetik mengungkapkan bahwa Av1955 milik H5N1 clade 2.3.2.1c (garis keturunan Eurasia) dan HA berisi urutan situs pembelahan tipe HPAIV (PQRERRRKR/GLF). Enam segmen gen (PB1, PB2, HA, NP, NA, dan NS) berasal dari virus garis keturunan Eurasia H5N1, satu (PB2) dari subtipe H3N6 dan satu lagi (M) dari H5N1 clade 2.1.3.2b ( garis keturunan Indonesia). Donor segmen PB2 merupakan reassortant di antara tiga virus H5N1 Eurasia dan garis keturunan Indonesia dan subtipe H3N6. Hasil filogenetik isolat H9N2 menunjukkan bahwa secara genetik mirip dengan strain Indonesia yang ditemukan pada tahun 2017 dan 2018. Adanya motif sekuens 335RSSR/GLF341 pada tempat pembelahan HA memberikan bukti bahwa Av1953 memiliki tingkat patogenisitas yang rendah. Av1953 mengungkapkan mutasi yang menunjukkan potensi zoonosis yang lebih tinggi. Segmen NS1 dari Av1953 memiliki motif terminal-C domain PDZ 227KPEV230 dan tidak ada penghapusan 80–84. Model multivariabel akhir mengungkapkan tujuh faktor untuk infeksi H5N1 termasuk mengamati hewan pengerat (p=0,036, OR=0,005), akses anjing liar (p= 0,004 OR= <0,001), keberadaan kalkun (p= 0,03 OR= 0,007), chukars/ ayam hutan (p= 0,024 OR= 2500), dan merak di kandang (p= 0,0043 OR= <0,001), musim hujan (p=0,001) dan unggas dari sumber rumah tangga (p=0,002) dan lima faktor risiko infeksi H9N2 “keberadaan itik (p=0.003, OR=38.2), kalkun (p=0.017 OR= 0.032), dan burung pegar di kandang (p=0.04, OR=18.422), kemarau (p=0.006 ) dan musim hujan ( p=<0,001), dan unggas peliharaan (p=0,002) di pasar unggas hidup. Temuan penelitian ini menggambarkan keberadaan virus flu burung dan faktor risiko terkait di pasar yang disurvei. Analisis mutasi menggambarkan bahwa sekuens nukleotida dan asam amino dari isolat studi dapat menyebabkan munculnya subtipe baru di wilayah studi. Tindakan perlindungan dan strategi mitigasi yang efektif untuk risiko yang diuraikan dalam penelitian ini dapat membantu mengurangi beban kedua subtipe tersebut di Indonesia. Kewaspadaan biosekuriti yang tepat harus dilakukan untuk mencegah pengenalan dan penyebaran H9 dan H5 di Indonesia.

Actions (login required)

View Item