Amelia Rizky Retmawati, 080810108 (2012) PEMODELAN DAN ANALISIS RESIDU KATALITIK ENZIM EKSOXILANASE DARI Geobacillus thermoleovorans IT-08. Skripsi thesis, UNIVERSITAS AIRLANGGA.

Preview

Text RETMAWATI.pdf Download (1MB) | Preview

Abstract

Interaksi suatu enzim terhadap substrat dapat diketahui secara in silico maupun in vivo. Penelitian ini bertujuan memodelkan struktur 3D enzim eksoxilanase dari Geobacillus thermoleovorans IT-08 serta mengetahui residu aktif yang berperan sebagai residu katalitik enzim eksoxilanase. Validasi hasil modelling enzim dengan substrat pNP-X dan xiloo-ligosakarida dilakukan dengan menguji aktivitasnya menggunakan spektrofometer UV-VIS pada λ tertentu. Pemodelan yang dilakukan menggunakan metode threading dengan memasukkan sekuens asam amino enzim eksoxilanase dari Geobacillus thermoleovorans IT-08 pada software online Esypred3D Web Server 1.0. Adanya aktivitas enzim dengan substrat dilakukan dengan uji aktivitas enzim eksoxilanase terhadap substrat pNPX dengan melakukan pembacaan absorbansi pada λ 405 nm dan diperoleh nilai aktivitasnya sebesar 0,730 U/ml. Sedangkan untuk uji aktivitas enzim eksoxilanase terhadap substrat xiloologosakarida dilakukan dengan metode DNS dan pembacaan absorbansi pada λ 550 nm dan diperoleh nilai aktivitasnya sebesar 0,054 U/ml. Kompleks enzim pada sisi katalitik dengan substrat juga dapat diketahui dengan docking menggunakan Autodock4 dan Autodock vina yang masing-masing dianalisis menggunakan Autodock tools dan PyMol. Residu katalitik yang aktif berperan dalam mengikat substrat pNP-X, X2, X3, dan X4 adalah Glu-476. Hasil docking menunjukkan model kompleks enzim-substrat p- NP-X, energi bebas pengikatan, interaksi ikatan hydrogen dan interaksi Van Der Waals-elektrostatik.

Actions (login required)

View Item